水箱自洁消毒器采用微电解物理消毒法对水体进行消毒。能量控制器采用循环脉冲放电控制循环释能器向水中释放能量，原理在于经过水箱消毒器处理后，水中细菌和藻类的生态环境发生变化，生存条件丧失而死亡。 任何一种生物都有其特定的生存生物场。电荷在生物体内的分布个运动，受到生物体外环境电场变化的影响，从而影响机体的生命运动。地球上的微生物一般只能适应并生存于地球表面的电场强度（130V/m）中，改变电场强度，可改变或影响细菌和藻类的生物代谢，如基因表达程序、活性等，使细菌和藻类生存环境恶化，达到杀灭细菌和藻类的目的。
水箱自洁消毒器细菌膜有许多通道。通过这些过道，细菌得以成长。这些通道是由单个分子复合体组成，能够让离子通过。离子通道的调节影响细菌的生命。含菌液体流过强电场，致使瞬间变化电流通过液体，在导电通路上的细胞被高速运动的电子冲击致死，达到灭菌的目的。
水箱自洁消毒器同时由于微电解原理，通过电化学反应，使水中溶解的水分子产生以下强氧化性物质：臭氧（O3），活性氧（O）、等。上述氧化性物质通过扩散和循环对水箱、水池中的所有水及水箱、水池内壁进行处理，破坏水中及水箱、水池内壁的细菌、藻类微生物细胞，达到消毒、灭藻、仰菌的效果。
