一是严抓准确性。准确是数据的生命，这对污染源普查也同样适用。在工作程序方面，针对普查工作量大、普查人员专业素质有待进一步提高等问题，要通过完善普查相关制度、强化人员培训、购买第三方服务、在线监测数据校核等举措补齐短板。
在具体技术层面，要针对不同行业、不同规模的企事业单位，设计行之有效的调查表，重点关注排污量大、污染物浓度高的单位，细化主要生产环节的产排污系数，对于污染小的行业、企业适当进行简化。在实际操作层面，要加大对于农业面源、生活面源、城市初期雨水、移动源(机动车船)的关注度。准确性和科学性是普查工作的难点所在，需要在第二次污染源普查中加强协调、深入研究。
二是强化针对性。普查数据最终要服务于环境质量改善这个核心目标，数据的统筹和使用同样重要。从加强对污染企业监管的角度来看，污染源普查为规范涉污企业依法排污提供了依据。将污普数据与企业的排污许可相结合，作为申领、审批发放排污许可证的基础数据，必将推动排污许可制度全面科学迅速铺开。
从助力环境污染防治的角度来看，污普数据要与流域、区域性环境问题的综合治理有机结合，说清污染源与环境质量之间的内在关联。特别是水污染防治方面，要将断面水质监测数据与污普数据结合，以控制单元为单位，将区域内的水污染源进行全面排查梳理。再根据区域的环境承载力，对水质断面达标方案进行优化，从而实现更加科学有效地改善水环境质量的目标。
从维护群众环境权益的角度来看，以污普数据为蓝本，治污将更加精准，更有利于解决突出环境问题，为人民群众营造良好的生活环境。
三是正视差异性。普查数据与环统数据等其他数据如存在差异，需予以核实。首先，要建立污普数据的权威性，才能正确对待和应用污普数据的结果，为污染防治服务。
其次，要正确对待数据的差异，力求准确无误。比如国家地表水环境质量监测网采测分离工作开展以后，虽然部分采测分离所测得的水质明显下降，但是却为水污染防治工作找到了“漏点”，对改善水环境质量有更大的促进作用。同时，要分析数据差异的原因，通过分析差异性来完善污普及环境统计等其他方面的填报分析方法，两者互相促进、同步完善。
