中国已对国家环保机构进行过多次改革。公开资料显示，1988年7月，环保工作从城乡建设部分离出来，成立独立的国家环境保护局(副部级)。此后在1998年、2008年，国家环保机构又发生两次大的改革。1998年国家环境保护局升格为国家环境保护总局(正部级)，2008年升格为环境保护部，成为国务院组成部门。
但这次对环保机构改革的思路似乎不同于以往：不是提升地位，而是着重调整职责。
在现行体制下，中国环保相关职责分布在多个机构。以污水防治为例，地下水归国土部；河流湖泊水归环保部；排污口设置由水利部管；农业面源污染归农业部治理；海里的水则由国家海洋局负责。
用首位生态环境部部长李干杰的话说，长期以来中国生态环保领域体制机制有两个突出问题，一是职责交叉重复，“叠床架屋、九龙治水、多头治理，出了事责任不清楚”；二是监管者和所有者没有很好区分，“既是运动员又是裁判员，有些裁判员独立出来，他的权威性、有效性也不是很强”。
本次机构改革方案对此作出了有针对性的改进。
根据方案，今后环境保护部的职责，国家发展和改革委员会的应对气候变化和减排职责，国土资源部的监督防止地下水污染职责，水利部的编制水功能区划、排污口设置管理、流域水环境保护职责，农业部的监督指导农业面源污染治理职责，国家海洋局的海洋环境保护职责，国务院南水北调工程建设委员会办公室的南水北调工程项目区环境保护职责将整合，组建生态环境部，作为国务院组成部门。
李干杰称，此举将实现“五个打通”，一是打通“地上”和“地下”，第二是打通“岸上”和“水里”，第三是打通了陆地和海洋，第四是打通了城市和农村，第五是打通“一氧化碳”和“二氧化碳”，即统一大气污染防治和气候变化应对。
清华大学公共管理学院院长薛澜接受中新社记者采访时称，随着中国特色社会主义进入新时代，环境保护、公共服务、社会管理等事项越发受到关注，需要政府职能随之加强。此次组建生态环境部，是对创新、协调、开放、绿色、共享五大新发展理念的落实，也是在弥补过去中国在生态环保上的短板。
污染防治已被列为中国未来三年要打好的三大攻坚战之一。从中共十九大报告明确建设“富强民主文明和谐美丽的社会主义现代化强国”的目标，到生态文明写入宪法，再到组建生态环境部，中国对环境保护的重视可见一斑。
中国第三届国家气候变化专家委员会委员、国家行政学院教授张孝德表示，中国正在形成不同于西方的、基于东方智慧的生态环境系统治理方案，对解决全球环境问题的作用日益突出。“预计未来五年，中国生态文明建设的能量将充分释放，整个世界生态文明亦将因此发生重大变化。”
